设计团队为了做好设计，深入了解佛教文化，查阅资料、请教专家、四处考察---远至五台山、云冈石窟、敦煌乃至印度、尼泊尔。设计图纸到了2007年底还有过一次重大修改。因为业主认为石材虽然能塑造空间感，但过于冷硬，而木制品则更具亲和力。后来廊厅8米以上的部位融入了大量的木雕构件，而塔厅从上到下则全用楠木、樟木等装饰。大量木雕的运用，显得中国味十足，也打消了一些人认为梵宫建筑会过于西方化的顾虑。

这些木雕均出自浙江东阳一班木雕艺人之手。浙江东阳是中国木雕之乡，北京故宫及苏、杭、皖等地都有精美的东阳木雕留世。据统计，整座灵山梵宫的木雕装饰面积达1.5万平方米，用掉2400多立方米的原木。比如一座塔厅高就有65米，跨度为46.6米，面积为2000多平方米，这样的空间规模在东阳木雕装修工程中，从无先例，这比在故宫施工还要难！为此东阳几乎倾全县之力，42个厂家，1560多名工匠，从2007年底接手，连续制作1年零4个月才最终顺利完工。